Jego mieszkańcy uczestniczyli w przygotowaniach do odkrycia Ameryki. Tu Krzysztof Kolumb znalazł wsparcie między innymi w Inés Enríquez, opatce klasztoru Santa oraz Hermanosie Niño, który popłynął na karaweli La Niña. W kościele klasztoru Santa Clara miało miejsce kolumbijskie ślubowanie. Moguer rozwinął żeglugę morską i handel, a produkowane tu wina i inne towary eksportowano do Ameryki i krajów europejskich. Miasto jest miejscem narodzin poety Juana Ramóna Jiméneza, laureata Nagrody Nobla w dziedzinie literatury.